Wird Honig richtig gelagert, ist er lange haltbar. In ägyptischen Pyramiden fand man über 3.000 Jahre alten Honig, der unverdorben und mikrobiologisch noch in Ordnung war. Allerdings war der Honig nicht mehr genießbar. Der Honig wird zwar nicht schlecht – anders als Wein – verliert er aber sein Aroma. Dies dauert aber mehrere Jahre – guter Honig ist bis dahin meist aufgegessen.
Der Zucker bindet das im Honig enthaltene Wasser. Deshalb können sich keine Mikroorganismen entwickeln. Säuren und Enzyme verhindern, dass sich Bakterien und Pilze entwickeln können. Daher schimmelt Honig nicht.
Trotzdem kann Honig gären, wenn er zu nass geerntet oder nicht luftdicht gelagert wurde. Eine Gärung erkennt man an Blasenbildung. Auch geschmacklich ändert sich der Honig: Er wird fruchtiger und schmeckt nach Alkohol, vergleichbar mit einer überreifen Banane. In manchen Ländern gilt dies als Delikatesse. In Deutschland darf gärender Honig nicht als Honig verkauft werden. Er kann noch zum Backen oder für die Met-Herstellung verwendet werden. Backhonig hat mit etwa zwei Euro pro Kilogramm aber nur einen geringen Verkaufspreis.